趣味でヒーローを始めた男、サイタマ。
3年間の特訓により、あらゆる敵を一撃で倒す無敵のパワーを手に入れた彼は、ひょんなことから弟子となったジェノスと共に、職業としてのヒーローが所属する組織・ヒーロー協会に入り、日々活動している。

そんなある日、突如現れた怪人協会を名乗る怪人たちに幹部の子供を人質に取られてしまったヒーロー協会。S級ヒーローたちが集まり、人質奪還のために怪人協会のアジトへの突入作戦が練られる。

一方、ヒーローたちとの戦いの最中怪人協会に連れ去られた“人間怪人”ガロウは、そのアジトで目を覚ます。