宇宙移民と宇宙戦争の歴史となった宇宙世紀が終焉後、しばらくの刻が流れた。
新たな時代、リギルド・センチュリー（R.C.）を迎えた人類の営みと繁栄は、平和と共にこのまま続いて行くものだと思われていた。
R.C.1014年。地上からそびえ立つ地球と宇宙を繋ぐ軌道エレベータ、キャピタル・タワー。地球上のエネルギー源であるフォトン・バッテリーを宇宙よりもたらすが故に神聖視された場所である。そのキャピタル・タワーを守護すべく組織されたキャピタル・ガード候補生のベルリ・ゼナムは、初めての実習の最中、いずれの国の技術でもない高性能モビルスーツ、G-セルフの襲撃を受ける。
作業用モビルスーツのレクテンで交戦したベルリはG-セルフの捕獲に成功する。しかし、G-セルフを操縦していたアイーダ・レイハントンを名乗る宇宙海賊の少女に何かを感じるベルリ。それは見たこともないはずのG-セルフに対しても同じだった。そして、特定条件を満たさなければ動かないはずのG-セルフをベルリは何故か起動させてしまう。
キャピタル・タワーを襲撃する宇宙海賊とアイーダの目的、G-セルフに選ばれたベルリが辿る運命、その果てに待ち受けるリギルド・センチュリー全体を揺るがす真相。全てはレコンギスタの始まりに過ぎなかったのだ。
